Nazwisko Shoemaker stało się znane każdemu, gdy w lipcu 1994 r. kometa Shoemaker-Levy 9 zderzyła się z Jowiszem. Dziewiątka wskazuje, że to dziewiąta kometa odkryta przez Carolyn i Eugena Shoemakerów i Davida Levy. Małżeństwo Shoemakerów było też odkrywcami wielu planetoid. Wielu astronomów uważało więc Eugene Shoemakera za znanego astronoma.

Tragiczna wieść o wypadku, który zdarzył się dziesięć lat temu, 18 lipca, na pustynnej drodze Terytorium Północnego w pobliżu granicy z Australią Zachodnią, pojawiła się w Internecie także na stronach poświęconych kometom. W czołowym zderzeniu samochodów na ostrym zakręcie drogi zginął Eugene Shoemaker jadący wraz z żoną do struktury uderzeniowej Goat Paddock. Jego żona Carolyn przeżyła wypadek.

Eugene M. Shoemaker był jednym z najwybitniejszych geologów. Sławę zawdzięcza badaniom struktur powstałych w wyniku uderzeń meteoroidów w Ziemię oraz badaniom Księżyca. Choć nie zajmował się badaniem samych meteorytów, był jednym z najbardziej znanych członków The Meteoritical Society.

Jednym z pierwszych dokonań Shoemakera było znalezienie niepodważalnych dowodów na meteorytowe pochodzenie słynnego Krateru Meteorytowego Barringera. W latach 50. przeprowadził bardzo szczegółowe badania tego krateru. W pobranych przez niego próbkach E.C.T. Chao wykrył coesyt — wysokociśnieniową odmianę kwarcu. W 1960 r. Shoemaker odwiedził basen Ries w południowych Niemczech, pobierając próbki, w których Chao znów stwierdził obecność coesytu. Obecność tego minerału stała się odtąd istotnym wskaźnikiem meteorytowego pochodzenia struktur, w których występował.

Doświadczenie zdobyte przy badaniu Krateru Meteorowego wykorzystał Shoemaker do badania kraterów księżycowych. W roku 1962 wraz z Hackmannem zaprezentował pierwszą geologiczną mapę Księżyca pokazując, jak z rozmieszczenia kraterów i struktur wokół nich można odczytać geologiczną historię naszego satelity. W tym czasie był już dyrektorem utworzonego przez siebie Wydziału Astrogeologii w Instytucie Geologicznym USA.

Shoemaker uczestniczył od początku w programie badań Księżyca: najpierw analizując zdjęcia zrobione przez sondy Ranger, a następnie obrazy przekazywane przez lądowniki Surveyor w latach 1963–1968. Jego marzeniem było prowadzenie osobiście badań geologicznych na Księżycu. Niestety, nie pozwoliło mu na to zdrowie. Kierował więc z Ziemi badaniami geologicznymi Księżyca podczas pierwszych wypraw Apollo.

Po przejściu na emeryturę w 1993 r. Shoemaker związał się z Obserwatorium Lowella we Flagstaff, w stanie Arizona (niedaleko słynnego krateru), gdzie rozwinął wraz z żoną program poszukiwania przelatujących blisko Ziemi planetoid i komet. Nie zrezygnował jednak z badań struktur po uderzeniach wielkich meteorytów. Zginął mając 69 lat.

Fragment listu Carolyn Shoemaker ze szpitala w Alice Springs:

Chociaż śmierć Gene'a jest wciąż dla mnie szokiem i wielką stratą dla nas wszystkich, Gene uważałby, że był to właściwy sposób odejścia. Opuścił nas robiąc coś, co bardzo lubił, z dala od wszelkich problemów tego świata, w kraju, który umiłował, mając u boku kobietę, która była jego życiową partnerką przez 46 lat i zmarł szybko. Rozmawialiśmy oboje o tym, że gdyby nasze życie miało już się zakończyć, to żyliśmy pełnią życia. Mieliśmy wspaniałe dzieci i blisko związaną ze sobą rodzinę. Nasze kariery naukowe przyniosły nam mnóstwo satysfakcji. Mieliśmy licznych przyjaciół w ciągu całego życia. A przede wszystkim byliśmy małżeństwem, w którym nasza wzajemna miłość nie znała granic.

Jego niespełnionym marzeniem był lot na Księżyc…

7 stycznia 1998 r. z przylądka Canaveral na Florydzie wystartował statek kosmiczny Lunar Prospector, unosząc na pokładzie poliwęglanową kapsułę-urnę o długości 1 i 3/4 cala z prochami Eugena M. Shoemakera. Misja, której celem było poszukiwanie wody na Księżycu, zakończyła się półtora roku później efektownym rozbiciem pojazdu na dnie jednego z zacienionych kraterów w pobliżu bieguna południowego, gdzie spodziewano się zalegania wodnego lodu. Kapsułę spowijał pierścień mosiężnej folii z wyrytymi rysunkiami komety Hale'a-Boppa i Krateru Meteorowego w Arizonie oraz fragmentem dramatu „Romeo i Julia” Williama Szekspira:

And, when he shall die,
Take him and cut him out in little stars,
And he will make the face of heaven so fine
That all the world will be in love with night
And pay no worship to the garish sun.1